厄瓜多爾褐頭蜘蛛猴（Ateles fusciceps fusciceps）是目前世界上最瀕危的靈長類動物之一，被國際自然保護聯盟（IUCN）列為極度瀕危。牠面臨多重威脅，最嚴重的是厄瓜多爾西部森林砍伐造成的棲息地喪失。基因組工具對於瀕危物種的管理至關重要，但這需要一個參考基因組，而直到現在，A. f. fusciceps的參考基因組尚不可用。
本研究使用Oxford Nanopore長讀取技術取得A. f. fusciceps的第一個完整基因組序列和組裝。從亞成年雄性中提取DNA，並按照Ligation Sequencing Kit SQK-LSK112流程製備文庫。定序使用MinION Mk1C定序儀進行。對定序讀取結果進行分析以生成基因組組裝。使用兩個不同的組裝程序使用原始讀取獲得基因體草圖，其中發現 Flye 組裝優於其他組裝。最終組裝總長度為 2.63 Gb，包含 3,861個contig，N50為7,560,531 bp。使用高分辨率數據庫中的靈長類直系同源物預測分析組裝的註釋完整性，發現完整性為84.3%，重複基因數量低表明組裝精確。組裝的註釋預測了31,417個蛋白質編碼基因，與其他哺乳動物組裝相當。這個極度瀕危物種的參考基因組將使研究人員能夠深入了解其種群的遺傳學，從而有助於保護和管理這個脆弱的物種。
參考文獻：
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.08.29.555347v1
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