10x Genomics的技術和產品廣泛應用於免疫學、神經科學、發育生物學、藥物開發和癌症研究等。近年來的研究展示了10x Genomics在現代生物醫學研究中的廣泛影響，推動了各個領域的新發現和創新。
康健基因的進階分析服務
除了10x Genomics官方軟體的基礎分析與結果整合外，康健基因提供客製化的進階分析服務，這些服務不僅僅是數據處理，更是為了幫助您在複雜的生物學背景中找到真正的研究價值。我們能根據您的樣本類別和實驗目的，結合相關文獻和分析經驗，選擇最合適的分析方法，並協助您解讀分析結果，從中挑選出與研究最相關的部分，使研究目標更加明確。
進階分析透過Scanpy、Seurat等熱門工具進行，能高效處理大型數據集，提供多種分析方法。主要分析項目包含：
1. 差異分析 (Differential analysis)
A. 針對Single cell分析，康健基因的分析流程能自動化標註細胞類型，或是客製化設計與細胞類型相關的Marker genes，再進行標註。左下圖是以高層級標註的結果，了解樣本中包含T細胞及少量樹突細胞；右下圖是以低層級標註的結果，細胞類型被分得更精細，T細胞被分為殺手T細胞、輔助T細胞等。後續能依細胞類型或其他實驗條件計算差異，找出差異表達基因。
B. 針對Visium空間分析，我們會進行群集分析並將結果視覺化，提供您比較組織切片與群集結果。後續能根據分群結果計算群間差異，或是根據組織切片、實驗目標調整分群再計算差異，找出差異表達基因。右下圖為小鼠大腦切片的群集分析視覺化結果。
2. 富集分析 (Enrichment analysis)
富集分析目的在於找出差異表達基因中，有哪些生物學功能或途徑被顯著富集，對於從更高層次的視角來理解基因表達變化的生物學意義有很大的幫助。下圖為挑選小鼠海馬迴中過表達基因進行富集的結果，發現與晝夜節律、尼古丁成癮等通路相關。
3. 軌跡推斷 (Trajectory inference)
軌跡推斷在單細胞RNA定序分析中的主要目的是重建細胞發育或分化過程，該分析有助於了解不同細胞狀態之間的過渡，以及在這些過程中哪些基因和分子機制在起作用。基於生物學知識指定初始細胞，還可以建立虛擬時間軸，呈現細胞從起始狀態到終點狀態之間的連續變化。下圖為胸腺中T細胞樣本的分析結果，可以從生物學上觀察到正確的細胞排序，從DN、DP再到成熟T細胞。
右下圖為指定DN為起始點，進行擴散擬時的分析結果，可以從顏色變化看到推斷出的分化順序為DN、DP、成熟T細胞，而從擴散圖上，能看到成熟T細胞群體分裂為兩個分支。
4. 細胞間通訊分析 (Cell-cell communication)
細胞間通訊分析，能揭示不同細胞類型間如何通過信號分子（如配體和受體）進行交流，有助於理解組織中的細胞互動網路，研究在發育、生理和病理過程中不同細胞間的協作機制。下圖是狼瘡患者周邊血單核細胞在IFN-β刺激前後的樣本分析結果，從中得到許多可能與 IFN-β 刺激相關的相互作用，並能看到相互作用的表達強度與特異性，跟細胞類型息息相關，例如HLA-B與CD8A/B的結合主要在受體細胞為CD8 T細胞上發生。
10x Single Cell分析雖然具有非常高的解析度和細節，但也需要大量的背景知識和驗證來確保數據的準確性和可重複性。康健基因擁有豐富的研究經驗，能夠有效應對這些挑戰，為您提供高品質的分析和解讀服務，幫助您在複雜的生物學背景中找到真正的研究價值。
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