分享NanoOK RT分析工具結合MinION定序儀，用以執行shotgun metagenomic定序的研究結果。 上個月，英國Earlham Institute 的Matthew D. Clark研究團隊於Nature microbiology發表文章， 分享NanoOK RT分析工具結合MinION定序儀，用以執行shotgun metagenomic定序的研究結果。
Matthew D. Clark研究團隊首次於2016年發表NanoOK，該工具用於分析Naopore定序數據，除進行quality和error分析外， 亦可進行multi-reference alignment analysis。NanoOK RT為NanoOK的進階版，可將產生的數據即時與細菌和抗藥基因資料庫進行比對。
研究中分別使用mock community以及健康/患病早產兒的糞便樣本進行分析：使用Nanopore數據可以正確對20種mock community進行了分類。
此外，在早產兒的糞便檢體中，由定序數據分析與發現
1.未成熟腸道菌相隨著時間推移所產生的的多樣性變化
2.對於益生菌補充、抗生素治療等干預措施，以及疑似敗血症發作的狀態下，腸道菌相產生的反應。
團隊更進一步使用NanoOK RT幫助評估重症和健康早產兒的腸道相關微生物菌相。 有了這個快速即時運行的分析工具，定序後可在最短1小時內可靠地鑑定出病原菌及其相應的抗藥性基因圖譜。
Matthew D. Clark研究團隊展示了使用MinION或Flongle搭配NanoOK RT，可以在不到5小時的時間內將宏基因組學樣品處理為豐富的數據集。 此一平台，不但為研究者提供菌相與抗藥基因研究的平台，臨床上更可為患者提供量身定制的抗生素治療選擇。
參考文獻:
https://www.nature.com/articles/s41564-019-0626-z