你的Flow cell堵住了嗎？

ONT 致力於提升Flow cell定序量，但使用者常在定序時遇到孔洞堵塞，造成單片定序量減少。
當孔洞被某些物質佔據而無法接收序列的狀況被MinKNOW偵測到，通道的狀態便從“Single pore”改為“Unavailable”。 你的Flow cell堵住了嗎？

ONT 致力於提升Flow cell定序量，但使用者常在定序時遇到孔洞堵塞，造成單片定序量減少。 當孔洞被某些物質佔據而無法接收序列的狀況被MinKNOW偵測到，通道的狀態便從“Single pore”改為“Unavailable”。 堵塞期間，此孔洞不會產生任何定序的資訊，MinKNOW亦有對應的機制去排除阻塞物。

究竟什麼樣的阻塞物會影響定序量？
在團隊的測試中，雖無法確認「越長的序列，越容易堵塞孔洞」；但他們發現，MinKNOW的堵塞排除機制對越短的片段效果越好 (此測試條件是8Kb-75Kb)。 此外，他們也做了樣品來源及萃取方式的測試，詳細的內容可以參考下方的網頁連結。
對於隨著定序時間越長，累積的Unavailable通道越多，也可透過第三代Wash kit (EXP-WSH003)將核酸類型的阻塞物清除。 官方測試於適當時機清洗的Flow cell，其定序量可以是未清洗的兩倍以上！