定序分析

Genome sequencing

Genome sequencing分為兩種，一種為de novo sequencing，另一種為re-sequencing。De novo sequencing 是針對沒有參考基因序列(reference genomic sequence)的物種來進行定序，目的在於定出物種的基因體序列，並對該物種做註解(annotation) ，包括gene prediction, protein prediction等等。Re-sequencing則是針對已知基因體序列的物種來進行定序，目的是偵測re-sequencing的樣本和已知物種基因體之間的差異，並可藉由差異來探討多型性對生物體或環境的影響。

生物資訊分析項目	De novo sequencing Quality filter for sequencing data Genome assembly Gene prediction and annotation Customized analysis based on customers’ requirements Re-sequencing Quality filter for sequencing data Variants identification (比對客戶所提供的reference genome) Variant annotation Customized analysis based on customers’ requirements
實驗與分析流程	de novo re-sequencing
樣品需求	【樣品種類】gDNA 【濃度】50~100 ng/μl 【總量】2μg 【品質】 A260/280 >1.8 A260/230 >1.5

Target region sequencing/Amplicon sequencing

Target region sequencing目的在於定序出特定區域的序列並找出基因變異(variants)，比方說人體的exon region、特定的基因(gene)等等。相較於全基因體定序，此方法可節省實驗成本，為目前研究學者常用的方法。Illumina亦提供TruSight Tumor Sequencing Panel 和TruSight Cancer Sequencing Panel等平台，這兩個平台著重於在癌症相關之基因。
Amplicon sequencing目的為定序出特定片段擴增子 (amplicons)。擴增子 (amplicons)為PCR產物，通常由客戶自行準備或提供primer。(分析時需要有客戶提供參考基因序列)

生物資訊分析項目	Quality filter for sequencing data Variants identification Variants annotation Customized analysis based on customers’ requirements
實驗與分析流程
樣品需求	【樣品種類】gDNA 【濃度】50~100 ng/μl 【總量】1ug 【品質】 A260/280 >1.8 A260/230 >1.5 【樣品種類】PCR product 【濃度】30~60 ng/μl 【總量】1.5ug 【品質】 A260/280 >1.8 A260/230 >0.5

RNA sequencing

RNA sequencing 目的為測定mRNA之表現量以及尋找新的異構體(isoforms)。相較於用microarray(晶片)的方式，RNA sequencing不需要預先設計特異性探針，其範圍可以檢測到新的轉錄物、基因融合、單核苷酸變異、插入缺失等等。
此外，RNA sequencing不受限於晶片之螢光強度，能提供更廣泛的動態範圍。RNA sequencing亦可透過增加定序量檢測來偵測弱表現的基因。

生物資訊分析項目	Basic analysis(基本分析) Quality filter for sequencing data RNA and gene expression calculation (FPKM) New isoforms identification Differentially expressed genes and RNA identification (根據客戶提供sample比較的資訊) Advance analysis (進階分析) Gene Ontology and pathway analysis according to differentially expressed genes Customized analysis based on customers’ requirements
實驗與分析流程
樣品需求	【樣品種類】Total RNA 【濃度】50~100 ng/ul 【總量】2ug 【品質】 A260/280 >1.8 A260/230 >1.5 RIN(RQI) >8

small RNA sequencing

Small RNA sequencing 目的為偵測small RNA的表現量以及找未知的small RNA。相較於miRNA晶片，Small RNA sequencing不受限於晶片之螢光強度，能提供更廣泛的動態範圍，亦不需要預先設計特異性探針，可將定序結果比對資料庫(miRBase)。除此之外，可透過進行預測是否可能為新的miRNA、預測其目標基因等等分析。

生物資訊分析項目	Basic analysis(基本分析) Quality filter for sequencing data miRNA expression calculation Differentially expressed miRNA identification (根據客戶提供sample比較的資訊) Advance analysis (進階分析) New miRNAs identification miRNA target gene prediction Gene Ontology and pathway analysis according to miRNA target genes (differentially expressed miRNA) Customized analysis based on customers’ requirements
實驗與分析流程
樣品需求	【樣品種類】Total RNA 【濃度】200~400 ng/ul 【總量】3ug 【品質】 A260/280 >1.8 A260/230 >1.5 RIN(RQI) >8

immune repertoire

Immune repertoire目的為定出CDR3序列以及其表現量。研究CDR3在於immunology非常有幫助， 透過CDR3的序列可應用臨床診斷的標記(marker)，也可應用於製藥上。

實驗原理	其實驗設計原理請見:http://www.irepertoire.com/#!technology/c1ycl
生物資訊分析項目	Basic analysis(基本分析) Quality filter for sequencing data CDR3 identification Differentially expressed CDR3 identification (根據客戶提供sample比較的資訊) Advance analysis (進階分析) CDR3 clustering TRBV and TRBJ analysis (VJ comparison) Customized analysis based on customers’ requirements
實驗與分析流程
樣品需求	【樣品種類】Total RNA 【濃度】100~200 ng/ul 【總量】1.5ug 【品質】 A260/280 >1.8 A260/230 >1.5

Metagenomics DNA shotgun sequencing

Metagenomics DNA shotgun sequencing目的為定出樣品裡微生物的基因體(總體菌群)，並進一步定出樣品裡有哪些基因 (gene)，用於推估樣品裡微生物細菌所扮演的功能。

生物資訊分析項目	Basic analysis(基本分析) Quality filter for sequencing data Contig assembly Gene prediction and annotation Functional annotation (pathway) Customized analysis based on customers’ requirements
實驗與分析流程
樣品需求	【樣品種類】gDNA 【濃度】50~100 ng/ul 【總量】1ug 【品質】 A260/280 >1.8 A260/230 >1.5

Metagenomics RNA sequencing

Metagenomics RNA sequencing目的為定出樣品裡微生物的mRNA，並進一步根據定出的mRNA進行分析，用於推估樣品裡微生物所扮演的功能。另外，透過比較樣品之間RNA 基因表現的差異，更能了解微生物調控的方式。

生物資訊分析項目	Basic analysis(基本分析) Quality filter for sequencing data transcripts assembly and expression calculation transcripts annotation Functional annotation (pathway) Customized analysis based on customers’ requirements
實驗與分析流程
樣品需求	【樣品種類】Total RNA 【濃度】50~100 ng/ul 【總量】1ug 【品質】 A260/280 >1.8 A260/230 >1.5

Metagenomics 16S sequencing (bacteria)

Metagenomics 16S sequencing目的在於透過定序細菌16S片段來進行樣品中細菌組成之鑑定。此方法為相較於用DNA shotgun的方式來研究細菌組成更為便宜，是目前最常被使用的方法。

生物資訊分析項目	Basic analysis(基本分析) Quality filter for sequencing data Taxonomy identification Taxonomy profile (graphic view and text file) Advance analysis (進階分析) Sample unsupervised classification Supervised PCoA (需要客戶提供sample資訊) or unsupervised PCoA Alpha and Beta diversity calculation Significant bacteria identification (需要客戶提供sample資訊) Pathogene screening Profiling Oxygen level and Grams staining bacteria for each sample Customized analysis based on customers’ requirements
實驗與分析流程
樣品需求	【樣品種類】gDNA 【濃度】50~100 ng/ul 【總量】1ug 【品質】 A260/280 >1.8 A260/230 >1.5

Metagenomics ITS sequencing (fungi)

Metagenomics ITS sequencing目的在於透過定序真菌ITS片段來進行樣品真菌組成之鑑定。此方法為相較於用DNA shotgun的方式來研究真菌組成更為便宜，是目前最常被使用的方法。

生物資訊分析項目	Basic analysis(基本分析) Quality filter for sequencing data Taxonomy identification Taxonomy profile (graphic view and text file) Advance analysis (進階分析) Sample unsupervised classification Supervised PCoA (需要客戶提供sample資訊) or unsupervised PCoA Alpha and Beta diversity calculation Significant fungi identification (需要客戶提供sample資訊) Customized analysis based on customers’ requirements
實驗與分析流程
樣品需求	【樣品種類】gDNA 【濃度】50~100 ng/ul 【總量】1ug 【品質】 A260/280 >1.8 A260/230 >1.5